Ce rapport présente l’évolution d’une biomasse microbienne tous les mois pendant 2 ans sur un sol viticole
Author: Debaillieul Thibault
Date: October 4, 2024
Etude Pioch Armant
Contexte: Vigne
Sol non travaillé sous le rang et sur l’inter-rang.
Désherbé sous le rang.
Friche dans l’inter-rang.
L’objectif était de suivre l’évolution de nos indicateurs au fil de l’année. Projet sur 2003-2006 réalisé par Sylvie Richarte.
Il n’y a pas de répétition malheureusement.
Graphique interactif pour exploration
Vous pouvez passer le curseur sur les lignes et les points pour afficher le détail de la valeur du point, cela mettra en évident tous les point à la même date sur les autres graphiques.
Code
# devtools::install_github("thomasp85/patchwork")legend_title<-"Prélèvement"mo<-plot_ggiraph(data = data,group ="a_creuser",text_size =30,ylab="MO en g/100g de terre",legend_title=legend_title)cmin<-plot_ggiraph(data = data,group ="a_creuser",indicateur ="CT28_val",text_size =30,ylab="CO2 en mg/kg (28j à 28°C)",legend_title=legend_title)bm<-plot_ggiraph(data = data,group ="a_creuser",indicateur ="BM_val",text_size =30,legend_title=legend_title,ylab="Biomasse microbienne mg/kg")nmin<-plot_ggiraph(data = data,group ="a_creuser",indicateur ="Nmineralise_val",text_size =30,legend_title=legend_title,ylab="Azote minéralisé mg/kg \t(28j à 28°C)")# Combine the plots using patchworkcombined_plot <- mo +bm+cmin+ nmin +plot_layout(nrow =4)interactive_plot<-girafe(ggobj = combined_plot,options =list(opts_sizing(width =1)# ,opts_zoom(max = 5),# opts_tooltip(# offx = 60,# offy = 60, use_cursor_pos = FALSE# ) ))interactive_plot <-girafe_options( interactive_plot,opts_hover(css ="stroke:#69B3A2; stroke-width: 10px; transition: all 0.3s ease;"),opts_hover_inv("opacity:0.5;filter:saturate(10%);"),opts_toolbar(saveaspng =FALSE))interactive_plot
ggplot(data)+geom_point(aes(x=H103,y=BM_val,colour=a_creuser))+theme_minimal()+labs(colour ="Prélèvement")+xlab("Humidité 103°C en %")+ylab("Biomasse microbienne mg/kg \n(fumigation)")
Code
ggplot(data)+geom_point(aes(x=H103,y=CT28_val,colour=a_creuser))+theme_minimal()+labs(colour ="Prélèvement")+xlab("Humidité 103°C en %")+ylab("CO2 mg/kg (28j à 28°C)")
Code
ggplot(data)+geom_point(aes(x=Nmineralise_val,y=CT28_val,colour=a_creuser))+theme_minimal()+labs(colour ="Prélèvement")+xlab("Azote mg/kg (28j à 28°C)")+ylab("CO2 mg/kg (28j à 28°C)")
Warning: Removed 2 rows containing missing values or values outside the scale range
(`geom_point()`).
Code
ggplot(data)+geom_point(aes(x=Nmineralise_val,y=BM_val,colour=a_creuser))+theme_minimal()+labs(colour ="Prélèvement")+ylab("BM mg/kg")+xlab("Azote mg/kg (28j à 28°C)")
Code
ggplot(data)+geom_point(aes(x=CT28_val,y=BM_val,colour=a_creuser))+theme_minimal()+labs(colour ="Prélèvement")+ylab("BM mg/kg")+xlab("CO2 mg/kg (28j à 28°C)")
Code
ggplot(data)+geom_point(aes(x=BM_val,y=pluvio_mm,colour=a_creuser))+theme_minimal()+labs(colour ="Prélèvement")+ylab("Pluviométrie mensuelle mm")+xlab("BM en mg/kg TS")
Code
ggplot(data)+geom_point(aes(x=BM_val,y=Tmoy,colour=a_creuser))+theme_minimal()+labs(colour ="Prélèvement")+ylab("T°C mensuelle moyenne")+xlab("BM en mg/kg TS")
